Aux formats «classiques» - TXT (texte), DOC (Microsoft Word), HTML (HyperText Markup Language), XML (eXtensible Markup Language) et PDF (Portable Document Format) - s’ajoutent des formats propriétaires pour des logiciels de lecture spécifiques, qui sont entre autres le Glassbook Reader (pour les livres de la société Glassbook), le Peanut Reader (pour les livres de la société Peanut Press), le Rocket eBook Reader (pour la liseuse Rocket eBook), le Franklin Reader (pour l’eBookMan, le PDA de Franklin), le logiciel de lecture de Cytale (pour la liseuse Cybook), le Gemstar eBook Reader (pour la liseuse Gemstar eBook), le Palm Reader (pour le PDA Palm Pilot), etc. Ces logiciels de lecture - et le format correspondant - correspondent souvent à un appareil donné, tout au moins les premiers temps, et ne peuvent donc pas être utilisés sur d'autres appareils. La même remarque vaut pour les formats, qui ne peuvent pas être lus par d’autres logiciels de lecture.

Un logiciel de lecture permet de lire un livre numérique à l’écran tout en bénéficiant de plusieurs fonctionnalités: navigation hypertexte au sein du livre ou vers le web, changement de la taille et de la police des caractères, surlignage de certains passages, recherche de mots dans l’ensemble du texte, ajout de signets ou de notes personnelles, choix de l’affichage en mode paysage ou portrait, agrandissement des figures et graphiques, sommaire affiché en permanence, et enfin – beaucoup plus tard – reflowing, à savoir le formatage automatique du livre et de sa pagination en fonction de la taille de l’écran.